Øverste administrative leder i Frøya kommune er rådmannen.

Svanhild Mosebakken er rådmann.
Beathe Sandvik Meland er assisterende rådmann/kommunalsjef.

Kommunen har et rådmannsteam som består av:

 Virksomheten Strategi og Utvikling (SU) har følgende hovedarbeidsområder:

• kommuneplan
• næring
• kvalitetsutvikling
• tilflytting/vekstkommune
• Controller
• Folkehelse
• Kompetanseutvikling
• Prosjektledelse

I tillegg har vi en fellesadministrasjon bestående av

• Offentlig Servicekontor
• økonomiavdeling
• IKT-avdeling
• Kommuneadvokat

Frøya kommune har en flat struktur med 2 beslutningsnivåer. Kommunen har 13 virksomheter. Alle med hver sin virksomhetsleder i direkte linje til rådmannen.

Frøya kommune samarbeider mye interkommunalt. Følgende interkommunale samarbeid finnes:

• PPT (med Hitra og Snillfjord)
• NAV (med Hitra)
• Barnevern (med Hitra)
• Psykisk helse (med Hitra)
• Forvaltningskontor (med Hitra)
• Feiing (med Hitra)
• Skatteoppkreving (med Orkdalsregionen)
• Legevakt (med Orkdalsregionen)
• Kompetanse (med Hitra)
• Folkehelse/livsstil (med Hitra)